En juillet, BIOS2 organisera un atelier de 2 heures sur l’évaluation ouverte par les pairs, animé par notre collègue Allegra Spensieri. Allegra a été sélectionnée comme championne PREreview et apporte maintenant à notre communauté les principes de la révision par les pairs juste et ouverte, avec le soutien de PREreview.
PREreview est une organisation qui développe une infrastructure pour soutenir le processus de révision par les pairs des publications « preprint » du début à la fin. Elle développe et fournit des formations sur la manière de rédiger des critiques utiles pour les prépublications, et a mis en place une plateforme pour soumettre des critiques de prépublications, ainsi qu’une communauté de chercheurs. L’atelier ouvert pour les évaluateurs est un programme de formation que PREreview a conçu pour les chercheurs de tous niveaux afin qu’ils apprennent à rédiger des évaluations équitables par les pairs.
Cet atelier de deux heures se concentrera sur les bases de l’évaluation ouverte et sur la prise de conscience des préjugés dans l’évaluation par les pairs. L’inscription est gratuite et ouverte à tous, mais les places sont limitées.
Cet été a été bien occupé avec le retour des évènements en personne. Cet article de blogue est un retour sur quelques évènements marquants pour plusieurs membres de la communauté BIOS2. En effet, nous nous sommes retrouvés (et/ou rencontrés pour la première fois) lors de la réunion annuelle 2022 de l’Ecological Society of America qui s’est tenue à Montréal en aout, ainsi qu’à l’occasion de l’école d’été annuelle BIOS2 en modélisation de la biodiversité qui avait pour thème Changements de la biodiversité et visualisation des données. De plus, deux groupes de travail organisés par des membres du programme BIOS2 se sont déroulés à Sherbrooke en mai et à Montréal en août.
Réunion annuelle 2022 de l’Ecological Society of America (ESA) à Montréal
La communauté BIOS2 a eu la chance de se retrouver lors de la réunion annuelle de l’ESA qui a eu lieu à Montréal du 14 au 19 août dernier. Plusieurs membres du programme sont montés sur scène pour présenter leur projet: Aliénor Stahl, Francis Banville, Jake Lawlor, Katherine Hébert, Pierre Rogy, Varina Crisfield, William Ou, Zihui Wang et d’autres encore! Les membres du programme se sont aussi illustrés par l’organisation d’une session Inspire sur l’enjeu des réseaux trophiques dans l’espace. Félicitations à Gabriel Dansereau, Francis Banville et Andrew MacDonald.
École d’été BIOS2 à Jouvence (Orford, QC)
Cette nouvelle édition de l’école d’été s’est déroulée du 22 au 26 août 2022 au Centre de Villégiature Jouvence au parc national du Mont Orford, Québec, sur le thème Changements de la biodiversité et visualisation de données. Les participants ont été mis au défi de conceptualiser et de présenter une stratégie de communication et de visualisation pour des enjeux concrets. Au fil de la semaine, les équipes de travail ont réalisé toutes les étapes d’un projet en design, de la définition de la problématique et du public cible à la création d’ un tableau de bord interactif sur la biodiversité. L’école d’été a pu compter sur cinq partenaires pour présenter aux participants des problématiques réelles; WSP, la Ville de Sherbrooke, Corridor appalachien, l’Union de producteurs agricoles (UPA) de l’Estrie et la Société pour la Nature et les Parcs (SNAP). Plusieurs personnes conférencières ont aussi animé des ateliers sur les approches en design: Design Thinking par Jean-François Bolduc, Creating value from Data (business intelligence) par Daniel Chamberland-Tremblay, Information and data architecture & Dashboard design par Vincent Beauregard, Essential Biodiversity Variables par Dominique Gravel, Journaliste à La Presse par Éric-Pierre Champagne et Data visualization design: process and principles par Thomas Hurtut.
Groupe de travail sur les changements écologiques dans le sud du Golfe du St-Laurent
Un groupe de travail a eu lieu au début du semestre d’été à Sherbrooke, QC (2 au 6 mai 2022). Organisé par F. Guillaume Blanchet et Nicolas Rolland et soutenu par le CIEE et BIOS2, le groupe de travail en présentiel » 50 ans de changements écologiques dans le sud du golfe du Saint-Laurent » faisait suite à un projet initié en ligne à l’automne 2020. L’objectif était d’étudier les changements d’occurrence et d’abondance des poissons et invertébrés marins présents dans le golfe du Saint-Laurent (sGSL) dans le temps et l’espace en utilisant les données du relevé de chalutage de fonds effectué chaque septembre dans le sGSL depuis 1971. Pour chaque période de relevé, d’autres facteurs écologiques et environnementaux tels que la température, la salinité, la fluorescence, les nutriments, le phytoplancton, le zooplancton, etc. ont également été recueillis. Pour analyser ces données, les participants se sont appuyés sur le spatiotemporal barrier model. L’influence de l’environnement a été testée à travers cinq hypothèses définissant les mécanismes énergétiques, de productivité, climatiques, de contrainte d’habitat et de stress influençant la distribution de la centaine d’espèces considérées. En bref, beaucoup de changements ont eu lieu dans le sGSL résultant de changements écologiques et environnementaux mais aussi de décisions politiques et sociales qui ont eu un impact sur la dynamique spatiale des espèces marines. Les résultats de ce projet ont été présentés à la réunion annuelle de l’ESA et devraient être publiés prochainement.
Groupe de travail sur les food webs
Le groupe de travail « Black holes and revelations: Identifying priority sampling locations for local food webs in Canada », organisé par Gabriel Dansereau, Michael Catchen, Francis Banville et Tanya Strydom, s’est déroulé à l’Université de Montréal du 22 au 25 août. L’objectif du groupe de travail était de recommander de nouveaux sites d’échantillonnages pour les réseaux écologiques, de façon à réduire efficacement l’incertitude associée à la composition des réseaux écologiques au Québec. Les participants ont notamment travaillé sur l’implémentation en Julia de méthodes permettant de recommander des sites d’échantillonnage en fonction de différents critères à optimiser. Celles-ci font maintenant partie du package BiodiversityObservationNetworks.jl (https://github.com/EcoJulia/BiodiversityObservationNetworks.jl). L’utilisation de ces méthodes dans le contexte des réseaux écologiques a suscité de nombreuses discussions, notamment sur l’interprétation des probabilités d’interaction en contexte spatial et sur le développement d’un score de « curiosité » des réseaux probabilistes, qui seront au cœur de nouveaux projets. À suivre!
Texte rédigé par William Ou, candidat au doctorat à UBC et stagiaire BIOS2 depuis 2021. Traduction libre de Varina Crisfield, candidate au doctorat à l’UdeS et stagiaire BIOS2 depuis 2020.
Juste avant le début de la session de printemps, ma directrice m’a demandé si je voulais faire une présentation sur l’écologie computationnelle dans le cadre de son cours de méthodologie écologique. Elle savait que je m’intéressais à l’enseignement et que les méthodes de recherche basées sur la simulation deviennent de plus en plus populaires, mais qu’elles ne se retrouvaient pas ou peu dans les programmes de formation réguliers. Elle a donc pensé que ce serait une excellente occasion pour tout le monde.
Dans l’article précédent, nous avons présenté notre expérience de stage avec GEO BON, dans lequel nous avons développé un modèle de prévision des contributions locales à la diversité bêta (LCBD) à l’échelle régionale, en utilisant les communautés d’espèces de parulines au Québec et en Colombie comme étude de cas. La première étape de notre projet était d’avoir accès aux données. Comme tout étudiant de cycle supérieur en écologie quantitative qui se respecte, nous avons utilisé des données ouvertes disponibles en ligne. Tel que mentionné dans l’article précédent, pour les données d’occurrence des espèces, nous avons utilisé la base de données eBird. Les données environnementales et d’utilisation du territoire, quant à elles, ont été respectivement obtenues de la base de données CHELSA et de l’Oak Ridge National Laboratory Distributed Active Archive Center (ORNL DAAC). Bien que ces jeux de données soient disponibles en libre accès, les manipulations requises pour les utiliser dans nos analyses et l’espace qu’elles occupent dans la mémoire vive peuvent être de grands défis.
Nous avons récemment effectué un stage de deux mois au sein du Group on Earth Observations Biodiversity Observation Network (GEO BON). Le siège social de l’organisation ayant récemment déménagé à Montréal, nous avons immédiatement voulu faire partie de ce nouveau chapitre en contribuant à un projet aussi passionnant qu’ambitieux : un système d’information intégré sur la biodiversité. GEO BON est actuellement engagé dans le développement de ce système d’information qui permettra, entre autres, d’estimer en temps réel de nombreux indicateurs de biodiversité à l’échelle planétaire. Un autre objectif du système d’information de GEO BON est de faciliter la réalisation de prévisions de la biodiversité dans le cadre de différents scénarios socio-économiques et d’améliorer la probabilité et la précision de ces modèles.
Cet été est bien étrange. Malgré tout, nous espérons que vous êtes tous sains et saufs, que vous prenez soin de vous, et que vous profitez de l’été comme vous le pouvez ! Nous avons déjà accompli beaucoup au cours des dernières semaines, et cet article de blog est un rappel de ces évènements. On espère des temps meilleurs avec plus de formations en écologie computationnelle et des appels communautaires!
