Catégorie : Ateliers de formation

Atelier de révision ouvert

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En juillet, BIOS2 organisera un atelier de 2 heures sur l’évaluation ouverte par les pairs, animé par notre collègue Allegra Spensieri. Allegra a été sélectionnée comme championne PREreview et apporte maintenant à notre communauté les principes de la révision par les pairs juste et ouverte, avec le soutien de PREreview.

PREreview est une organisation qui développe une infrastructure pour soutenir le processus de révision par les pairs des publications « preprint » du début à la fin. Elle développe et fournit des formations sur la manière de rédiger des critiques utiles pour les prépublications, et a mis en place une plateforme pour soumettre des critiques de prépublications, ainsi qu’une communauté de chercheurs. L’atelier ouvert pour les évaluateurs est un programme de formation que PREreview a conçu pour les chercheurs de tous niveaux afin qu’ils apprennent à rédiger des évaluations équitables par les pairs.

Cet atelier de deux heures se concentrera sur les bases de l’évaluation ouverte et sur la prise de conscience des préjugés dans l’évaluation par les pairs. L’inscription est gratuite et ouverte à tous, mais les places sont limitées.

Quand : 10 juillet 2024 – 13h EST
Où : En ligne En ligne
Inscriptions : https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZIoce6tqz0vGtdpZPVtuBKMpLyxjR9WvqjN

Modélisation et analyse numérique des systèmes biologiques

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Les 11 et 13 juin prochains, BIOS2 organise une nouvelle formation sur les modèles mathématiques en écologie, animée par notre fellow Maxime Clenet !

Ce cours est conçu pour approfondir votre compréhension des modèles théoriques en écologie, tels que la dynamique des populations (Lotka-Volterra), la dynamique spatiale (métapopulation), ou encore les modèles épidémiologiques (SIR). La formation est divisée en deux parties principales.
Dans un premier temps, nous verrons les étapes clés de la modélisation et de la formalisation d’un problème biologique en termes d’équations et tenterons de répondre aux questions : Pourquoi est-ce utile ? Quelles sont les principales approches théoriques actuelles en dynamique des populations ?
Une analyse mathématique rigoureuse du modèle sera effectuée en présentant les principaux outils méthodologiques utiles à son analyse, tels que le calcul des équilibres, les matrices Jacobiennes et la stabilité. Cette analyse sera intégrée sous forme d’exercices pratiques et d’échanges entre les étudiants.

La partie théorique sera suivie d’une interprétation numérique et orientée vers les données. Vouz apprendrez à développer une méthode numérique pour trouver une solution à des systèmes dynamiques. A la fin, les participants auront l’opportunité de développer leurs propres simulations numériques pour leur modèle dynamique favori en utilisant un outil de programmation adapté et facilement accessible (Python ou R selon les préférences de programmation).

Cette formation est un projet interdisciplinaire qui vise à améliorer vos compétences techniques, votre compréhension de l’écologie théorique et vos capacités en programmation numérique. Les participants de divers horizons sont les bienvenus, et la formule proposée profitera à tous. La formation permettra à chacun de travailler sur un modèle simple en trois étapes : comprendre les intuitions mathématiques de base du modèle, les questions posées autour de ce modèle et la mise en œuvre d’une implémentation numérique du modèle.

Quoi: Modélisation et analyse numérique des systèmes biologiques
Quand: 11 et 13 Juin, 10am - 4 pm EST (y compris la pause déjeuner)
Inscription: https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZMvcO2sqDMuHtOMCaTV2d_ro0bow8UfbZX9

Modélisation par Équations Structurelles – atelier de formation

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Nous avons le plaisir de vous annoncer notre prochain atelier sur la Modélisation par Équations Structurelles (SEM), prévu du 8 au 10 avril 2024, de 10 h à 13 h PT / de 13 h à 16 h ET. Ce cours offre une exploration complète de la SEM, en plongeant dans ses fondements théoriques et ses applications pratiques. Les participant·e·s acquerront une compréhension profonde de la modélisation causale, des variables latentes et des subtilités des méthodologies SEM basées sur la covariance et le Partial Least Squares (PLS). Grâce à des instructions approfondies, les participant·e·s apprendront à tirer parti de logiciels de premier plan pour mener des analyses sophistiquées de jeux de données complexes. En couvrant les conventions, la terminologie, la spécification du modèle et l’évaluation, ce cours dote les professionnel·le·s et les chercheur·euse·s des compétences essentielles pour naviguer efficacement dans la SEM.

La formation sera dispensée par notre fellow Varina Crisfield, candidate au doctorat primée en Aires Clés pour la Biodiversité à l’Université de Sherbrooke. L’atelier se déroulera virtuellement, et les informations d’accès seront envoyées aux participant·e·s inscrit·e·s un jour avant l’événement.

Pour postuler, veuillez remplir ce formulaire d’ici le 4 avril 2024 : https://forms.office.com/r/1dEg09Qhn0

Deux ateliers pour démarrer votre projet de données

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Nouvelle année, nouveau projet ! En février, BIOS2 proposera deux ateliers pour vous aider à démarrer vos projets de données : Mise en place des projets et Manipulation des données. Dans un mélange de conseils sur les meilleures pratiques, de tutoriels et d’activités de support, ces ateliers très basiques sont conçus pour vous faire réfléchir à l’organisation de votre projet et de vos données avant de commencer quoi que ce soit, mais aussi pour vous aider à remodeler vos projets en cours vers quelque chose de plus organisé et reproductible. Les inscriptions sont ouvertes jusqu’à deux jours avant le premier jour de chaque atelier, et les places sont limitées (max. 40 personnes par atelier).

Ces ateliers devraient être accessibles à tout étudiant diplômé, bien qu’une expérience préalable de R soit utile. L’atelier se déroulera en anglais, avec un support en français, et sera présenté en ligne. Le lien pour y accéder sera communiqué peu avant l’atelier.

Pour vous inscrire, remplissez ce formulaire : https://forms.office.com/r/Y1Bs5VuTJh

Mise en place des projets

Apprenez et pratiquez l’organisation de projet, les conseils de reproductibilité, la maintenance de projet, et plus encore !
Instructeurs : Andrew MacDonald et Gracielle Higino
Quand : 5, 6 et 7 février à 11 heures (heure de Paris) / 14 heures (heure de l’Est)
Où : en ligne

Manipulation des données

Apprenez les meilleures pratiques sur le nettoyage des données et suivez un tutoriel sur OpenRefine.
Instructeurs : Simran Bains, Lukas Van Riel et Timothée Poisot
Quand : 13 et 15 février à 10h PT / 13h ET
Où : en ligne

Si vous avez des questions, n’hésitez pas à nous contacter à l’adresse pgm_bios2@usherbrooke.ca.

Conseils pratiques pour la modélisation statistique

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Lorsqu’il s’agit de concevoir un modèle statistique, beaucoup d’incertitudes viennent à l’esprit. En décembre, BIOS2 offrira un atelier qui vous donnera quelques stratégies utiles pour ajuster et comprendre vos modèles de régression. Animé par Dr Andrew MacDonald, l’atelier se déroulera pendant 3h en deux jours, les 12 et 14 décembre 2023, avec beaucoup de temps pour les questions et les discussions sur votre propre travail. Cet atelier devrait être accessible à tout étudiant diplômé, bien qu’une expérience préalable de R soit utile. L’atelier se déroulera en anglais, avec un soutien en français.

Pour vous inscrire, remplissez le formulaire lié à la fin de cette page avant le 9 décembre 2023.

Programme

Jour 1:

  • Qu’est-ce que le zéro ? Quand et comment centrer une variable ?
  • Quelles sont les unités ? La mise à l’échelle d’une variable et pourquoi il faut le faire.
  • Qu’est-ce que cela signifie ? Faire des prédictions.
  • Est-ce que cela dépend ? Ajustement et visualisation des interactions.

Jour 2:

  • Quelles sont vos expectatives ? Simuler des ensembles de données.
  • L’arme secrète : ajuster le même modèle plusieurs fois.
Quand : 13h EST, mardi 12 décembre et jeudi 14 décembre 2023.
Durée : 3h chaque jour (6 heures au total)
Où : En ligne - les informations seront envoyées le jour précédent 
Formulaire d'inscription : https://forms.office.com/r/BfUD8Gv61D
Date limite d'inscription :  9 décembre 2023

Apprentissage automatique interprétable appliqué aux MDS

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L’apprentissage automatique n’est pas une boîte noire (à moins que nous le voulions !). Si vous vous êtes déjà demandé ce que les résultats d’un modèle de distribution des espèces signifient réellement, BIOS² est là pour vous aider ! Le 6 octobre 2023, de 13h à 15h EDT, le professeur Timothée Poisot animera un atelier court et très participatif sur la façon d’interpréter les modèles d’apprentissage automatique appliqués aux SDM.

Dans cet atelier, les participants construiront un modèle simple pour prédire la distribution du raton laveur dans le sud du Québec à partir d’observations. Plutôt que de se concentrer sur la prédiction, nous poserons des questions sur le pourquoi. Plus précisément, en combinant la présentation des résultats avec des discussions en petits groupes, nous nous interrogerons sur le fonctionnement du modèle, sur le moment où il est acceptable d’appliquer notre meilleur jugement et d’ignorer certaines mesures de performance, et sur la façon dont nous pouvons envisager l’apprentissage automatique interprétable pour améliorer la transparence du modèle. Les participants auront accès à l’ensemble du code et des données à la fin de l’atelier.

L’atelier sera organisé virtuellement et les informations concernant l’accès seront envoyées aux participants inscrits un jour avant l’événement.

Pour poser votre candidature, veuillez remplir ce formulaire avant le 4 octobre 2023 : https://forms.office.com/r/SLuu3gv9B1