Catégorie : Activités de formation

2024 École d’été en statistiques avancées en sciences de la vie

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L’École d’été en statistiques avancées en sciences de la vie, sur le thème de Modèles hiérarchiques, aura lieu du 29 avril au 3 mai 2024 à Jouvence, dans le parc national du Mont-Orford au Québec. Les modèles hiérarchiques dans les sciences de la vie font référence à des cadres statistiques qui tiennent compte de la structure imbriquée des données souvent rencontrée dans la recherche biologique, où les observations sont organisées à plusieurs niveaux de hiérarchie tels que les individus au sein des populations, ou les mesures répétées au sein des individus. Ces modèles permettent d’intégrer à la fois la variabilité au sein des groupes et entre les groupes, ce qui donne un aperçu des processus biologiques sous-jacents tout en tenant compte de manière appropriée des dépendances complexes au sein des données.

Le cours intensif est présenté par Pr Guillaume Blanchet, Université de Sherbrooke, et Dr. Andrew MacDonald, professionnel de recherche pour BIOS2, CREUS et CSBQ. Le cours a pour but d’introduire les modèles hiérarchiques autant d’un point de vue théorique que pratique. Le tout sera fait via R avec une introduction à Stan. Apportez votre jeu de données!

Inscription

Toute personne intéressée à participer à l’école d’été doit remplir ce formulaire avant le 20 mars 2024. L’inscription officielle (admission et paiement des frais d’inscription) aura lieu au cours de la semaine du 25 mars 2024.

Plus d’informations et inscription : https://www.usherbrooke.ca/ecoles-de-pointe/fr/biologie/2024-statistiques-avancees-sciences-vie

2024 École d’été sur la modélisation de la biodiversité

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L’édition 2024 de l`école d’été sur la modélisation de la biodiversité aura pour thème « Indicateurs de suivi des changements de la biodiversité » . Les indicateurs de biodiversité sont des paramètres utilisés pour mesurer et évaluer la santé, la diversité et la distribution des espèces, des écosystèmes et de la variabilité génétique au sein d’un environnement. Ces indicateurs fournissent des indications précieuses sur l’état et les tendances de la biodiversité au fil du temps, contribuant à éclairer les efforts de conservation, l’élaboration des politiques et les pratiques de développement durable. En suivant ces indicateurs, les scientifiques et les décideurs politiques peuvent surveiller l’évolution de la biodiversité, identifier les zones préoccupantes, hiérarchiser les actions de conservation et évaluer l’efficacité des stratégies de conservation.

L’objectif principal du cours sera de développer un rapport sur l’état actuel de la biodiversité pour le Canada, basé sur les connaissances scientifiques les plus récentes en matière d’indicateurs de biodiversité et en utilisant des technologies de pointe dans le domaine de la science des données. 

Présenté par Pr Dominique Gravel (Université de Sherbrooke) en collaboration avec plusieurs scientifiques de premier plan dans le domaine, le cours intensif aura lieu du 13 au 17 mai 2024 à Jouvence, dans le parc national du Mont-Orford au Québec. 

Date : 13 au 17 mai 2024
Lieu : Centre de Villégiature Jouvence à Orford (Québec)
Coût : 600 $ (chambre partagée), 800 $ (chambre privée)
Le prix inclut l’inscription au cours, l’hébergement et les repas

Inscription

Les personnes intéressées à participer à l’école d’été doivent remplir ce formulaire au plus tard le 20 mars 2024. L’inscription officielle (admission et paiement des frais d’inscription) se fera dans la semaine du 25 mars 2024.

Plus d’informations et inscription : https://www.usherbrooke.ca/ecoles-de-pointe/fr/biologie/2024-modelisation-biodiversite

Modélisation par Équations Structurelles – atelier de formation

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Nous avons le plaisir de vous annoncer notre prochain atelier sur la Modélisation par Équations Structurelles (SEM), prévu du 8 au 10 avril 2024, de 10 h à 13 h PT / de 13 h à 16 h ET. Ce cours offre une exploration complète de la SEM, en plongeant dans ses fondements théoriques et ses applications pratiques. Les participant·e·s acquerront une compréhension profonde de la modélisation causale, des variables latentes et des subtilités des méthodologies SEM basées sur la covariance et le Partial Least Squares (PLS). Grâce à des instructions approfondies, les participant·e·s apprendront à tirer parti de logiciels de premier plan pour mener des analyses sophistiquées de jeux de données complexes. En couvrant les conventions, la terminologie, la spécification du modèle et l’évaluation, ce cours dote les professionnel·le·s et les chercheur·euse·s des compétences essentielles pour naviguer efficacement dans la SEM.

La formation sera dispensée par notre fellow Varina Crisfield, candidate au doctorat primée en Aires Clés pour la Biodiversité à l’Université de Sherbrooke. L’atelier se déroulera virtuellement, et les informations d’accès seront envoyées aux participant·e·s inscrit·e·s un jour avant l’événement.

Pour postuler, veuillez remplir ce formulaire d’ici le 4 avril 2024 : https://forms.office.com/r/1dEg09Qhn0

Deux ateliers pour démarrer votre projet de données

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Nouvelle année, nouveau projet ! En février, BIOS2 proposera deux ateliers pour vous aider à démarrer vos projets de données : Mise en place des projets et Manipulation des données. Dans un mélange de conseils sur les meilleures pratiques, de tutoriels et d’activités de support, ces ateliers très basiques sont conçus pour vous faire réfléchir à l’organisation de votre projet et de vos données avant de commencer quoi que ce soit, mais aussi pour vous aider à remodeler vos projets en cours vers quelque chose de plus organisé et reproductible. Les inscriptions sont ouvertes jusqu’à deux jours avant le premier jour de chaque atelier, et les places sont limitées (max. 40 personnes par atelier).

Ces ateliers devraient être accessibles à tout étudiant diplômé, bien qu’une expérience préalable de R soit utile. L’atelier se déroulera en anglais, avec un support en français, et sera présenté en ligne. Le lien pour y accéder sera communiqué peu avant l’atelier.

Pour vous inscrire, remplissez ce formulaire : https://forms.office.com/r/Y1Bs5VuTJh

Mise en place des projets

Apprenez et pratiquez l’organisation de projet, les conseils de reproductibilité, la maintenance de projet, et plus encore !
Instructeurs : Andrew MacDonald et Gracielle Higino
Quand : 5, 6 et 7 février à 11 heures (heure de Paris) / 14 heures (heure de l’Est)
Où : en ligne

Manipulation des données

Apprenez les meilleures pratiques sur le nettoyage des données et suivez un tutoriel sur OpenRefine.
Instructeurs : Simran Bains, Lukas Van Riel et Timothée Poisot
Quand : 13 et 15 février à 10h PT / 13h ET
Où : en ligne

Si vous avez des questions, n’hésitez pas à nous contacter à l’adresse pgm_bios2@usherbrooke.ca.

Conseils pratiques pour la modélisation statistique

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Lorsqu’il s’agit de concevoir un modèle statistique, beaucoup d’incertitudes viennent à l’esprit. En décembre, BIOS2 offrira un atelier qui vous donnera quelques stratégies utiles pour ajuster et comprendre vos modèles de régression. Animé par Dr Andrew MacDonald, l’atelier se déroulera pendant 3h en deux jours, les 12 et 14 décembre 2023, avec beaucoup de temps pour les questions et les discussions sur votre propre travail. Cet atelier devrait être accessible à tout étudiant diplômé, bien qu’une expérience préalable de R soit utile. L’atelier se déroulera en anglais, avec un soutien en français.

Pour vous inscrire, remplissez le formulaire lié à la fin de cette page avant le 9 décembre 2023.

Programme

Jour 1:

  • Qu’est-ce que le zéro ? Quand et comment centrer une variable ?
  • Quelles sont les unités ? La mise à l’échelle d’une variable et pourquoi il faut le faire.
  • Qu’est-ce que cela signifie ? Faire des prédictions.
  • Est-ce que cela dépend ? Ajustement et visualisation des interactions.

Jour 2:

  • Quelles sont vos expectatives ? Simuler des ensembles de données.
  • L’arme secrète : ajuster le même modèle plusieurs fois.
Quand : 13h EST, mardi 12 décembre et jeudi 14 décembre 2023.
Durée : 3h chaque jour (6 heures au total)
Où : En ligne - les informations seront envoyées le jour précédent 
Formulaire d'inscription : https://forms.office.com/r/BfUD8Gv61D
Date limite d'inscription :  9 décembre 2023

Apprentissage automatique interprétable appliqué aux MDS

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L’apprentissage automatique n’est pas une boîte noire (à moins que nous le voulions !). Si vous vous êtes déjà demandé ce que les résultats d’un modèle de distribution des espèces signifient réellement, BIOS² est là pour vous aider ! Le 6 octobre 2023, de 13h à 15h EDT, le professeur Timothée Poisot animera un atelier court et très participatif sur la façon d’interpréter les modèles d’apprentissage automatique appliqués aux SDM.

Dans cet atelier, les participants construiront un modèle simple pour prédire la distribution du raton laveur dans le sud du Québec à partir d’observations. Plutôt que de se concentrer sur la prédiction, nous poserons des questions sur le pourquoi. Plus précisément, en combinant la présentation des résultats avec des discussions en petits groupes, nous nous interrogerons sur le fonctionnement du modèle, sur le moment où il est acceptable d’appliquer notre meilleur jugement et d’ignorer certaines mesures de performance, et sur la façon dont nous pouvons envisager l’apprentissage automatique interprétable pour améliorer la transparence du modèle. Les participants auront accès à l’ensemble du code et des données à la fin de l’atelier.

L’atelier sera organisé virtuellement et les informations concernant l’accès seront envoyées aux participants inscrits un jour avant l’événement.

Pour poser votre candidature, veuillez remplir ce formulaire avant le 4 octobre 2023 : https://forms.office.com/r/SLuu3gv9B1