Modélisation et analyse numérique des systèmes biologiques

Les 11 et 13 juin prochains, BIOS2 organise une nouvelle formation sur les modèles mathématiques en écologie, animée par notre fellow Maxime Clenet !

Ce cours est conçu pour approfondir votre compréhension des modèles théoriques en écologie, tels que la dynamique des populations (Lotka-Volterra), la dynamique spatiale (métapopulation), ou encore les modèles épidémiologiques (SIR). La formation est divisée en deux parties principales.
Dans un premier temps, nous verrons les étapes clés de la modélisation et de la formalisation d’un problème biologique en termes d’équations et tenterons de répondre aux questions : Pourquoi est-ce utile ? Quelles sont les principales approches théoriques actuelles en dynamique des populations ?
Une analyse mathématique rigoureuse du modèle sera effectuée en présentant les principaux outils méthodologiques utiles à son analyse, tels que le calcul des équilibres, les matrices Jacobiennes et la stabilité. Cette analyse sera intégrée sous forme d’exercices pratiques et d’échanges entre les étudiants.

La partie théorique sera suivie d’une interprétation numérique et orientée vers les données. Vouz apprendrez à développer une méthode numérique pour trouver une solution à des systèmes dynamiques. A la fin, les participants auront l’opportunité de développer leurs propres simulations numériques pour leur modèle dynamique favori en utilisant un outil de programmation adapté et facilement accessible (Python ou R selon les préférences de programmation).

Cette formation est un projet interdisciplinaire qui vise à améliorer vos compétences techniques, votre compréhension de l’écologie théorique et vos capacités en programmation numérique. Les participants de divers horizons sont les bienvenus, et la formule proposée profitera à tous. La formation permettra à chacun de travailler sur un modèle simple en trois étapes : comprendre les intuitions mathématiques de base du modèle, les questions posées autour de ce modèle et la mise en œuvre d’une implémentation numérique du modèle.

Quoi: Modélisation et analyse numérique des systèmes biologiques
Quand: 11 et 13 Juin, 10am - 4 pm EST (y compris la pause déjeuner)
Inscription: https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZMvcO2sqDMuHtOMCaTV2d_ro0bow8UfbZX9

Modélisation par Équations Structurelles – atelier de formation

Nous avons le plaisir de vous annoncer notre prochain atelier sur la Modélisation par Équations Structurelles (SEM), prévu du 8 au 10 avril 2024, de 10 h à 13 h PT / de 13 h à 16 h ET. Ce cours offre une exploration complète de la SEM, en plongeant dans ses fondements théoriques et ses applications pratiques. Les participant·e·s acquerront une compréhension profonde de la modélisation causale, des variables latentes et des subtilités des méthodologies SEM basées sur la covariance et le Partial Least Squares (PLS). Grâce à des instructions approfondies, les participant·e·s apprendront à tirer parti de logiciels de premier plan pour mener des analyses sophistiquées de jeux de données complexes. En couvrant les conventions, la terminologie, la spécification du modèle et l’évaluation, ce cours dote les professionnel·le·s et les chercheur·euse·s des compétences essentielles pour naviguer efficacement dans la SEM.

La formation sera dispensée par notre fellow Varina Crisfield, candidate au doctorat primée en Aires Clés pour la Biodiversité à l’Université de Sherbrooke. L’atelier se déroulera virtuellement, et les informations d’accès seront envoyées aux participant·e·s inscrit·e·s un jour avant l’événement.

Pour postuler, veuillez remplir ce formulaire d’ici le 4 avril 2024 : https://forms.office.com/r/1dEg09Qhn0

Deux ateliers pour démarrer votre projet de données

Nouvelle année, nouveau projet ! En février, BIOS2 proposera deux ateliers pour vous aider à démarrer vos projets de données : Mise en place des projets et Manipulation des données. Dans un mélange de conseils sur les meilleures pratiques, de tutoriels et d’activités de support, ces ateliers très basiques sont conçus pour vous faire réfléchir à l’organisation de votre projet et de vos données avant de commencer quoi que ce soit, mais aussi pour vous aider à remodeler vos projets en cours vers quelque chose de plus organisé et reproductible. Les inscriptions sont ouvertes jusqu’à deux jours avant le premier jour de chaque atelier, et les places sont limitées (max. 40 personnes par atelier).

Ces ateliers devraient être accessibles à tout étudiant diplômé, bien qu’une expérience préalable de R soit utile. L’atelier se déroulera en anglais, avec un support en français, et sera présenté en ligne. Le lien pour y accéder sera communiqué peu avant l’atelier.

Pour vous inscrire, remplissez ce formulaire : https://forms.office.com/r/Y1Bs5VuTJh

Mise en place des projets

Apprenez et pratiquez l’organisation de projet, les conseils de reproductibilité, la maintenance de projet, et plus encore !
Instructeurs : Andrew MacDonald et Gracielle Higino
Quand : 5, 6 et 7 février à 11 heures (heure de Paris) / 14 heures (heure de l’Est)
: en ligne

Manipulation des données

Apprenez les meilleures pratiques sur le nettoyage des données et suivez un tutoriel sur OpenRefine.
Instructeurs : Simran Bains, Lukas Van Riel et Timothée Poisot
Quand : 13 et 15 février à 10h PT / 13h ET
: en ligne

Si vous avez des questions, n’hésitez pas à nous contacter à l’adresse pgm_bios2@usherbrooke.ca.

Atelier d’introduction au langage Julia pour la recherche en écologie

Le programme FONCER BIOS² et EcoJulia organisent un atelier d’introduction au langage Julia pour la recherche en écologie. L’atelier est proposé en ligne et en personne à l’Université de Sherbrooke les 20 et 21 juin 2022.

Atelier de travail G3E-BIOS² : L’impact des changements climatiques sur les petits cours d’eau

Dans un contexte d’étude sur l’impact des changements climatiques sur les petits cours d’eau, le Groupe d’éducation et d’écosurveillance de l’eau (G3E) sollicite l’expertise des membres du programme BIOS² afin de réaliser une première analyse de données en utilisant les résultats des stations de SurVol Benthos.