Quelques activités qui ont eu lieu cet été!

Cet été a été bien occupé avec le retour des évènements en personne. Cet article de blogue est un retour sur quelques évènements marquants pour plusieurs membres de la communauté BIOS2. En effet, nous nous sommes retrouvés (et/ou rencontrés pour la première fois) lors de la réunion annuelle 2022 de l’Ecological Society of America qui s’est tenue à Montréal en aout, ainsi qu’à l’occasion de l’école d’été annuelle BIOS2 en modélisation de la biodiversité qui avait pour thème Changements de la biodiversité et visualisation des données. De plus, deux groupes de travail organisés par des membres du programme BIOS2 se sont déroulés à Sherbrooke en mai et à Montréal en août.

Réunion annuelle 2022 de l’Ecological Society of America (ESA) à Montréal

La communauté BIOS2 a eu la chance de se retrouver lors de la réunion annuelle de l’ESA qui a eu lieu à Montréal du 14 au 19 août dernier. Plusieurs membres du programme sont montés sur scène pour présenter leur projet: Aliénor Stahl, Francis Banville, Jake Lawlor, Katherine Hébert, Pierre Rogy, Varina Crisfield, William Ou, Zihui Wang et d’autres encore! Les membres du programme se sont aussi illustrés par l’organisation d’une session Inspire sur l’enjeu des réseaux trophiques dans l’espace. Félicitations à Gabriel Dansereau, Francis Banville et Andrew MacDonald.

École d’été BIOS2 à Jouvence (Orford, QC)

Cette nouvelle édition  de l’école d’été s’est déroulée du 22 au 26 août 2022 au Centre de Villégiature Jouvence au parc national du Mont Orford, Québec, sur le thème Changements de la biodiversité et visualisation de données. Les participants ont été mis au défi de conceptualiser et de présenter une stratégie de communication et de visualisation pour des enjeux concrets. Au fil de la semaine, les équipes de travail ont réalisé toutes les étapes d’un projet en design, de la définition de la problématique et du public cible à la création d’ un tableau de bord interactif sur la biodiversité. L’école d’été a pu compter sur cinq partenaires pour présenter aux participants des problématiques réelles; WSP, la Ville de Sherbrooke, Corridor appalachien, l’Union de producteurs agricoles (UPA) de l’Estrie et la Société pour la Nature et les Parcs (SNAP). Plusieurs personnes conférencières ont aussi animé des ateliers sur les approches en design:  Design Thinking par Jean-François Bolduc, Creating value from Data (business intelligence) par Daniel Chamberland-Tremblay,  Information and data architecture  & Dashboard design  par  Vincent Beauregard,  Essential Biodiversity Variables  par Dominique Gravel,  Journaliste à La Presse par  Éric-Pierre Champagne  et  Data visualization design: process and principles par Thomas Hurtut. 

Groupe de travail sur les changements écologiques dans le sud du Golfe du St-Laurent

Un groupe de travail a eu lieu au début du semestre d’été à Sherbrooke, QC (2 au 6 mai 2022). Organisé par F. Guillaume Blanchet et Nicolas Rolland et soutenu par le CIEE et BIOS2, le groupe de travail en présentiel » 50 ans de changements écologiques dans le sud du golfe du Saint-Laurent » faisait suite à un projet initié en ligne à l’automne 2020. L’objectif était d’étudier les changements d’occurrence et d’abondance des poissons et invertébrés marins présents dans le golfe du Saint-Laurent (sGSL) dans le temps et l’espace en utilisant les données du relevé de chalutage de fonds effectué chaque septembre dans le sGSL depuis 1971. Pour chaque période de relevé, d’autres facteurs écologiques et environnementaux tels que la température, la salinité, la fluorescence, les nutriments, le phytoplancton, le zooplancton, etc. ont également été recueillis. Pour analyser ces données, les participants se sont appuyés sur le spatiotemporal barrier model. L’influence de l’environnement a été testée à travers cinq hypothèses définissant les mécanismes énergétiques, de productivité, climatiques, de contrainte d’habitat et de stress influençant la distribution de la centaine d’espèces considérées. En bref, beaucoup de changements ont eu lieu dans le sGSL résultant de changements écologiques et environnementaux mais aussi de décisions politiques et sociales qui ont eu un impact sur la dynamique spatiale des espèces marines. Les résultats de ce projet ont été présentés à la réunion annuelle de l’ESA et devraient être publiés prochainement.

Groupe de travail sur les food webs

Le groupe de travail « Black holes and revelations: Identifying priority sampling locations for local food webs in Canada », organisé par Gabriel Dansereau, Michael Catchen, Francis Banville et Tanya Strydom, s’est déroulé à l’Université de Montréal du 22 au 25 août. L’objectif du groupe de travail était de recommander de nouveaux sites d’échantillonnages pour les réseaux écologiques, de façon à réduire efficacement l’incertitude associée à la composition des réseaux écologiques au Québec. Les participants ont notamment travaillé sur l’implémentation en Julia de méthodes permettant de recommander des sites d’échantillonnage en fonction de différents critères à optimiser. Celles-ci font maintenant partie du package BiodiversityObservationNetworks.jl (https://github.com/EcoJulia/BiodiversityObservationNetworks.jl). L’utilisation de ces méthodes dans le contexte des réseaux écologiques a suscité de nombreuses discussions, notamment sur l’interprétation des probabilités d’interaction en contexte spatial et sur le développement d’un score de « curiosité » des réseaux probabilistes, qui seront au cœur de nouveaux projets. À suivre!

Biologie computationnelle ou informatique appliquée à la biologie?

Texte rédigé par William Ou, candidat au doctorat à UBC et stagiaire BIOS2 depuis 2021.
Traduction libre de Varina Crisfield, candidate au doctorat à l’UdeS et stagiaire BIOS2 depuis 2020.

Juste avant le début de la session de printemps, ma directrice m’a demandé si je voulais faire une présentation sur l’écologie computationnelle dans le cadre de son cours de méthodologie écologique. Elle savait que je m’intéressais à l’enseignement et que les méthodes de recherche basées sur la simulation deviennent de plus en plus populaires, mais qu’elles ne se retrouvaient pas ou peu dans les programmes de formation réguliers. Elle a donc pensé que ce serait une excellente occasion pour tout le monde.

Postuler pour participer à un groupe de travail BIOS² + LDP dirigé par des étudiant.e.s

Le programme de formation CRSNG-FONCER en méthodes numériques appliquées aux sciences de la biodiversité BIOS2, en collaboration avec le programme CRSNG-FONCER Living Data Project de l’Institut canadien d’écologie et d’évolution, accepte maintenant les candidatures pour participer à un groupe de travail dirigé par des étudiant.e.s qui se tiendra du 23 au 27 janvier 2023 dans la région de Montréal (Québec).

Le thème du groupe de travail est : Évaluation du potentiel de changement des aires de répartition en fonction du climat en tenant compte des multiples caractéristiques des paysages à la frontière canado-américaine.

Les candidatures doivent être déposées au plus tard le 22 août 2022 à midi (heure de l’Est).

Appel à candidatures 2022 pour participer au programme BIOS²

Voici l’appel à candidature 2022 pour participer au programme de formation BIOS² en tant que stagiaires (Fellow). Cet appel s’adresse aux membres actuels de BIOS2 qui souhaitent renouveler leur adhésion et/ou leur financement et aux étudiants des cycles supérieurs qui souhaitent rejoindre le programme BIOS2.

Les candidatures doivent être déposées au plus tard le 10 août 2022.

École d’été en modélisation de la biodiversité 2022

L’édition 2022 de l’école d’été, qui se déroulera du 22 au 26 août 2022 au Centre de Villégiature Jouvence à Orford, portera sur le thème « Changements de la biodiversité et visualisation de données ». Le cours prendra la forme d’un atelier pendant lequel les personnes étudiantes, en collaboration avec des organisations locales impliquées dans le suivi de la biodiversité, développeront une plateforme web pour la visualisation des changements de la biodiversité.

Atelier d’introduction au langage Julia pour la recherche en écologie

Le programme FONCER BIOS² et EcoJulia organisent un atelier d’introduction au langage Julia pour la recherche en écologie. L’atelier est proposé en ligne et en personne à l’Université de Sherbrooke les 20 et 21 juin 2022.