Modélisation et analyse numérique des systèmes biologiques

Les 11 et 13 juin prochains, BIOS2 organise une nouvelle formation sur les modèles mathématiques en écologie, animée par notre fellow Maxime Clenet !

Ce cours est conçu pour approfondir votre compréhension des modèles théoriques en écologie, tels que la dynamique des populations (Lotka-Volterra), la dynamique spatiale (métapopulation), ou encore les modèles épidémiologiques (SIR). La formation est divisée en deux parties principales.
Dans un premier temps, nous verrons les étapes clés de la modélisation et de la formalisation d’un problème biologique en termes d’équations et tenterons de répondre aux questions : Pourquoi est-ce utile ? Quelles sont les principales approches théoriques actuelles en dynamique des populations ?
Une analyse mathématique rigoureuse du modèle sera effectuée en présentant les principaux outils méthodologiques utiles à son analyse, tels que le calcul des équilibres, les matrices Jacobiennes et la stabilité. Cette analyse sera intégrée sous forme d’exercices pratiques et d’échanges entre les étudiants.

La partie théorique sera suivie d’une interprétation numérique et orientée vers les données. Vouz apprendrez à développer une méthode numérique pour trouver une solution à des systèmes dynamiques. A la fin, les participants auront l’opportunité de développer leurs propres simulations numériques pour leur modèle dynamique favori en utilisant un outil de programmation adapté et facilement accessible (Python ou R selon les préférences de programmation).

Cette formation est un projet interdisciplinaire qui vise à améliorer vos compétences techniques, votre compréhension de l’écologie théorique et vos capacités en programmation numérique. Les participants de divers horizons sont les bienvenus, et la formule proposée profitera à tous. La formation permettra à chacun de travailler sur un modèle simple en trois étapes : comprendre les intuitions mathématiques de base du modèle, les questions posées autour de ce modèle et la mise en œuvre d’une implémentation numérique du modèle.

Quoi: Modélisation et analyse numérique des systèmes biologiques
Quand: 11 et 13 Juin, 10am - 4 pm EST (y compris la pause déjeuner)
Inscription: https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZMvcO2sqDMuHtOMCaTV2d_ro0bow8UfbZX9

2024 École d’été en statistiques avancées en sciences de la vie

L’École d’été en statistiques avancées en sciences de la vie, sur le thème de Modèles hiérarchiques, aura lieu du 29 avril au 3 mai 2024 à Jouvence, dans le parc national du Mont-Orford au Québec. Les modèles hiérarchiques dans les sciences de la vie font référence à des cadres statistiques qui tiennent compte de la structure imbriquée des données souvent rencontrée dans la recherche biologique, où les observations sont organisées à plusieurs niveaux de hiérarchie tels que les individus au sein des populations, ou les mesures répétées au sein des individus. Ces modèles permettent d’intégrer à la fois la variabilité au sein des groupes et entre les groupes, ce qui donne un aperçu des processus biologiques sous-jacents tout en tenant compte de manière appropriée des dépendances complexes au sein des données.

Le cours intensif est présenté par Pr Guillaume Blanchet, Université de Sherbrooke, et Dr. Andrew MacDonald, professionnel de recherche pour BIOS2CREUS et CSBQ. Le cours a pour but d’introduire les modèles hiérarchiques autant d’un point de vue théorique que pratique. Le tout sera fait via R avec une introduction à Stan. Apportez votre jeu de données!

Inscription

Toute personne intéressée à participer à l’école d’été doit remplir ce formulaire avant le 20 mars 2024. L’inscription officielle (admission et paiement des frais d’inscription) aura lieu au cours de la semaine du 25 mars 2024.

Plus d’informations et inscription : https://www.usherbrooke.ca/ecoles-de-pointe/fr/biologie/2024-statistiques-avancees-sciences-vie

2024 École d’été sur la modélisation de la biodiversité

L’édition 2024 de l`école d’été sur la modélisation de la biodiversité aura pour thème « Indicateurs de suivi des changements de la biodiversité » . Les indicateurs de biodiversité sont des paramètres utilisés pour mesurer et évaluer la santé, la diversité et la distribution des espèces, des écosystèmes et de la variabilité génétique au sein d’un environnement. Ces indicateurs fournissent des indications précieuses sur l’état et les tendances de la biodiversité au fil du temps, contribuant à éclairer les efforts de conservation, l’élaboration des politiques et les pratiques de développement durable. En suivant ces indicateurs, les scientifiques et les décideurs politiques peuvent surveiller l’évolution de la biodiversité, identifier les zones préoccupantes, hiérarchiser les actions de conservation et évaluer l’efficacité des stratégies de conservation.

L’objectif principal du cours sera de développer un rapport sur l’état actuel de la biodiversité pour le Canada, basé sur les connaissances scientifiques les plus récentes en matière d’indicateurs de biodiversité et en utilisant des technologies de pointe dans le domaine de la science des données. 

Présenté par Pr Dominique Gravel (Université de Sherbrooke) en collaboration avec plusieurs scientifiques de premier plan dans le domaine, le cours intensif aura lieu du 13 au 17 mai 2024 à Jouvence, dans le parc national du Mont-Orford au Québec. 

Date : 13 au 17 mai 2024
Lieu : Centre de Villégiature Jouvence à Orford (Québec)
Coût : 600 $ (chambre partagée), 800 $ (chambre privée)
Le prix inclut l’inscription au cours, l’hébergement et les repas

Inscription

Les personnes intéressées à participer à l’école d’été doivent remplir ce formulaire au plus tard le 20 mars 2024. L’inscription officielle (admission et paiement des frais d’inscription) se fera dans la semaine du 25 mars 2024.

Plus d’informations et inscription : https://www.usherbrooke.ca/ecoles-de-pointe/fr/biologie/2024-modelisation-biodiversite

Modélisation par Équations Structurelles – atelier de formation

Nous avons le plaisir de vous annoncer notre prochain atelier sur la Modélisation par Équations Structurelles (SEM), prévu du 8 au 10 avril 2024, de 10 h à 13 h PT / de 13 h à 16 h ET. Ce cours offre une exploration complète de la SEM, en plongeant dans ses fondements théoriques et ses applications pratiques. Les participant·e·s acquerront une compréhension profonde de la modélisation causale, des variables latentes et des subtilités des méthodologies SEM basées sur la covariance et le Partial Least Squares (PLS). Grâce à des instructions approfondies, les participant·e·s apprendront à tirer parti de logiciels de premier plan pour mener des analyses sophistiquées de jeux de données complexes. En couvrant les conventions, la terminologie, la spécification du modèle et l’évaluation, ce cours dote les professionnel·le·s et les chercheur·euse·s des compétences essentielles pour naviguer efficacement dans la SEM.

La formation sera dispensée par notre fellow Varina Crisfield, candidate au doctorat primée en Aires Clés pour la Biodiversité à l’Université de Sherbrooke. L’atelier se déroulera virtuellement, et les informations d’accès seront envoyées aux participant·e·s inscrit·e·s un jour avant l’événement.

Pour postuler, veuillez remplir ce formulaire d’ici le 4 avril 2024 : https://forms.office.com/r/1dEg09Qhn0

Deux ateliers pour démarrer votre projet de données

Nouvelle année, nouveau projet ! En février, BIOS2 proposera deux ateliers pour vous aider à démarrer vos projets de données : Mise en place des projets et Manipulation des données. Dans un mélange de conseils sur les meilleures pratiques, de tutoriels et d’activités de support, ces ateliers très basiques sont conçus pour vous faire réfléchir à l’organisation de votre projet et de vos données avant de commencer quoi que ce soit, mais aussi pour vous aider à remodeler vos projets en cours vers quelque chose de plus organisé et reproductible. Les inscriptions sont ouvertes jusqu’à deux jours avant le premier jour de chaque atelier, et les places sont limitées (max. 40 personnes par atelier).

Ces ateliers devraient être accessibles à tout étudiant diplômé, bien qu’une expérience préalable de R soit utile. L’atelier se déroulera en anglais, avec un support en français, et sera présenté en ligne. Le lien pour y accéder sera communiqué peu avant l’atelier.

Pour vous inscrire, remplissez ce formulaire : https://forms.office.com/r/Y1Bs5VuTJh

Mise en place des projets

Apprenez et pratiquez l’organisation de projet, les conseils de reproductibilité, la maintenance de projet, et plus encore !
Instructeurs : Andrew MacDonald et Gracielle Higino
Quand : 5, 6 et 7 février à 11 heures (heure de Paris) / 14 heures (heure de l’Est)
: en ligne

Manipulation des données

Apprenez les meilleures pratiques sur le nettoyage des données et suivez un tutoriel sur OpenRefine.
Instructeurs : Simran Bains, Lukas Van Riel et Timothée Poisot
Quand : 13 et 15 février à 10h PT / 13h ET
: en ligne

Si vous avez des questions, n’hésitez pas à nous contacter à l’adresse pgm_bios2@usherbrooke.ca.

Posez votre candidature pour participer à un groupe de travail Hydro Québec + BIOS².

Le programme de formation CRSNG-FONCER en méthodes numériques appliquées en biologie BIOS², en collaboration avec Hydro Québec, accepte maintenant les candidatures pour participer à un groupe de travail qui se tiendra du 18 au 22 mars 2024, dans la région de Montréal, QC. Les candidatures doivent être envoyées au plus tard le 15 janvier 2024. Pour poser votre candidature, veuillez remplir ce formulaire : https://forms.office.com/r/mGL9thRSSJ

Description de l’activité

Les groupes de travail sont constitués d’un petit groupe de chercheurs qui se réunissent en personne et travaillent de manière intensive et collaborative sur une question de recherche, pour résoudre un problème spécifique ou pour développer un projet spécifique. L’objectif du groupe de travail est de prototyper un chapitre d’un rapport d’évaluation d’impact environnemental axé sur les mesures de biodiversité, en utilisant des données empiriques provenant de projets réels d’Hydro Québec. Les étudiants travailleront à la mise en œuvre d’un chapitre qui devrait aider à la prise de décision efficace, applicable et dont le contenu est facile à communiquer.

Critères d’éligibilité

Les candidats doivent être inscrits à un programme d’études en écologie, en sciences de l’environnement, en évolution ou dans une discipline connexe dans une université canadienne. L’appel s’adresse principalement aux étudiants de troisième cycle, mais quelques places seront ouvertes aux étudiants de premier cycle et aux post-doctorants dont la recherche s’aligne sur le thème du groupe de travail.

Idéalement, les candidats doivent maîtriser le langage R et avoir une certaine expérience du travail avec de grands jeux de données écologiques, dans un environnement collaboratif, et de la communication de leurs analyses et de leurs résultats. Les candidats doivent également être en mesure de participer en personne aux cinq jours d’activités. Compte tenu de l’objectif du groupe de travail, les compétences suivantes seront prioritaires dans le processus de sélection :

Communication

  • Visualisation des données
  • Conception de cartes
  • Rédaction technique en anglais
  • Rédaction technique en français
  • Politique environnementale
  • Prise de décision

Méthodes numériques appliquées en biologie

  • Analyse multivariable
  • Statistiques géographiques
  • Gestion des données
  • Changement climatique
  • Simulations
  • Modélisation des niches écologiques et de la distribution des espèces
  • Écologie du paysage
  • Évaluation de l’impact environnemental
  • Écologie des communautés

Veuillez noter qu’il n’est pas nécessaire de cocher toutes les cases de la liste de compétences ci-dessus pour postuler. Toute combinaison de compétences est la bienvenue, assurez-vous simplement de les mettre en valeur dans votre candidature. Il est toutefois important de garder à l’esprit qu’il y aura des lectures obligatoires en français.

La plus haute priorité sera accordée aux boursiers BIOS2. Les frais de participation (voyage, hébergement et repas pendant l’événement) seront couverts pour les membres du programme BIOS2, ainsi que pour les étudiants inscrits dans une université affiliée à BIOS2. Les étudiants d’autres universités sont les bienvenus mais doivent couvrir leurs frais de participation.

Les candidats ayant des responsabilités familiales sont les bienvenus et sont encouragés à postuler et nous accommoderons leurs besoins, dans la mesure du possible. La langue commune utilisée dans ce groupe de travail sera l’anglais, mais un soutien en français, portugais et espagnol sera assuré.

Présentation du projet

Prototype d’un chapitre sur la biodiversité pour les rapports d’évaluation des incidences sur l’environnement

Responsables : Alexandre Beauchemin, Biologiste, M.Sc. Env. (Hydro Québec), Amélie Drolet Biologiste, M.Sc. (Hydro Québec), et Dominique Gravel, PhD (BIOS2, Réseau d’observation de la biodiversité du Québec, Université de Sherbrooke).
Facilitatrice : Gracielle Higino, PhD (BIOS2)

Date du groupe de travail : 18 au 22 mars 2024.
Lieu : En personne, dans la région de Montréal (lieu à déterminer).
Date limite d’inscription : 15 janvier 2024
Formulaire de candidature : https://forms.office.com/r/mGL9thRSSJ

Si vous avez des questions, n’hésitez pas à nous contacter à l’adresse pgm_bios2@usherbrooke.ca.