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Deux ateliers pour démarrer votre projet de données

Posted by on in Activités de formation, Ateliers de formation, Dirigé par des fellows

Nouvelle année, nouveau projet ! En février, BIOS2 proposera deux ateliers pour vous aider à démarrer vos projets de données : Mise en place des projets et Manipulation des données. Dans un mélange de conseils sur les meilleures pratiques, de tutoriels et d’activités de support, ces ateliers très basiques sont conçus pour vous faire réfléchir à l’organisation de votre projet et de vos données avant de commencer quoi que ce soit, mais aussi pour vous aider à remodeler vos projets en cours vers quelque chose de plus organisé et reproductible. Les inscriptions sont ouvertes jusqu’à deux jours avant le premier jour de chaque atelier, et les places sont limitées (max. 40 personnes par atelier).

Ces ateliers devraient être accessibles à tout étudiant diplômé, bien qu’une expérience préalable de R soit utile. L’atelier se déroulera en anglais, avec un support en français, et sera présenté en ligne. Le lien pour y accéder sera communiqué peu avant l’atelier.

Pour vous inscrire, remplissez ce formulaire : https://forms.office.com/r/Y1Bs5VuTJh

Mise en place des projets

Apprenez et pratiquez l’organisation de projet, les conseils de reproductibilité, la maintenance de projet, et plus encore !
Instructeurs : Andrew MacDonald et Gracielle Higino
Quand : 5, 6 et 7 février à 11 heures (heure de Paris) / 14 heures (heure de l’Est)
Où : en ligne

Manipulation des données

Apprenez les meilleures pratiques sur le nettoyage des données et suivez un tutoriel sur OpenRefine.
Instructeurs : Simran Bains, Lukas Van Riel et Timothée Poisot
Quand : 13 et 15 février à 10h PT / 13h ET
Où : en ligne

Si vous avez des questions, n’hésitez pas à nous contacter à l’adresse pgm_bios2@usherbrooke.ca.

Posez votre candidature pour participer à un groupe de travail Hydro Québec + BIOS².

Posted by on in Groupes de travail

Le programme de formation CRSNG-FONCER en méthodes numériques appliquées en biologie BIOS², en collaboration avec Hydro Québec, accepte maintenant les candidatures pour participer à un groupe de travail qui se tiendra du 18 au 22 mars 2024, dans la région de Montréal, QC. Les candidatures doivent être envoyées au plus tard le 15 janvier 2024. Pour poser votre candidature, veuillez remplir ce formulaire : https://forms.office.com/r/mGL9thRSSJ

Description de l’activité

Les groupes de travail sont constitués d’un petit groupe de chercheurs qui se réunissent en personne et travaillent de manière intensive et collaborative sur une question de recherche, pour résoudre un problème spécifique ou pour développer un projet spécifique. L’objectif du groupe de travail est de prototyper un chapitre d’un rapport d’évaluation d’impact environnemental axé sur les mesures de biodiversité, en utilisant des données empiriques provenant de projets réels d’Hydro Québec. Les étudiants travailleront à la mise en œuvre d’un chapitre qui devrait aider à la prise de décision efficace, applicable et dont le contenu est facile à communiquer.

Critères d’éligibilité

Les candidats doivent être inscrits à un programme d’études en écologie, en sciences de l’environnement, en évolution ou dans une discipline connexe dans une université canadienne. L’appel s’adresse principalement aux étudiants de troisième cycle, mais quelques places seront ouvertes aux étudiants de premier cycle et aux post-doctorants dont la recherche s’aligne sur le thème du groupe de travail.

Idéalement, les candidats doivent maîtriser le langage R et avoir une certaine expérience du travail avec de grands jeux de données écologiques, dans un environnement collaboratif, et de la communication de leurs analyses et de leurs résultats. Les candidats doivent également être en mesure de participer en personne aux cinq jours d’activités. Compte tenu de l’objectif du groupe de travail, les compétences suivantes seront prioritaires dans le processus de sélection :

Communication

  • Visualisation des données
  • Conception de cartes
  • Rédaction technique en anglais
  • Rédaction technique en français
  • Politique environnementale
  • Prise de décision

Méthodes numériques appliquées en biologie

  • Analyse multivariable
  • Statistiques géographiques
  • Gestion des données
  • Changement climatique
  • Simulations
  • Modélisation des niches écologiques et de la distribution des espèces
  • Écologie du paysage
  • Évaluation de l’impact environnemental
  • Écologie des communautés

Veuillez noter qu’il n’est pas nécessaire de cocher toutes les cases de la liste de compétences ci-dessus pour postuler. Toute combinaison de compétences est la bienvenue, assurez-vous simplement de les mettre en valeur dans votre candidature. Il est toutefois important de garder à l’esprit qu’il y aura des lectures obligatoires en français.

La plus haute priorité sera accordée aux boursiers BIOS2. Les frais de participation (voyage, hébergement et repas pendant l’événement) seront couverts pour les membres du programme BIOS2, ainsi que pour les étudiants inscrits dans une université affiliée à BIOS2. Les étudiants d’autres universités sont les bienvenus mais doivent couvrir leurs frais de participation.

Les candidats ayant des responsabilités familiales sont les bienvenus et sont encouragés à postuler et nous accommoderons leurs besoins, dans la mesure du possible. La langue commune utilisée dans ce groupe de travail sera l’anglais, mais un soutien en français, portugais et espagnol sera assuré.

Présentation du projet

Prototype d’un chapitre sur la biodiversité pour les rapports d’évaluation des incidences sur l’environnement

Responsables : Alexandre Beauchemin, Biologiste, M.Sc. Env. (Hydro Québec), Amélie Drolet Biologiste, M.Sc. (Hydro Québec), et Dominique Gravel, PhD (BIOS2, Réseau d’observation de la biodiversité du Québec, Université de Sherbrooke).
Facilitatrice : Gracielle Higino, PhD (BIOS2)

Date du groupe de travail : 18 au 22 mars 2024.
Lieu : En personne, dans la région de Montréal (lieu à déterminer).
Date limite d’inscription : 15 janvier 2024
Formulaire de candidature : https://forms.office.com/r/mGL9thRSSJ

Si vous avez des questions, n’hésitez pas à nous contacter à l’adresse pgm_bios2@usherbrooke.ca.

Conseils pratiques pour la modélisation statistique

Posted by on in Activités de formation, Ateliers de formation

Lorsqu’il s’agit de concevoir un modèle statistique, beaucoup d’incertitudes viennent à l’esprit. En décembre, BIOS2 offrira un atelier qui vous donnera quelques stratégies utiles pour ajuster et comprendre vos modèles de régression. Animé par Dr Andrew MacDonald, l’atelier se déroulera pendant 3h en deux jours, les 12 et 14 décembre 2023, avec beaucoup de temps pour les questions et les discussions sur votre propre travail. Cet atelier devrait être accessible à tout étudiant diplômé, bien qu’une expérience préalable de R soit utile. L’atelier se déroulera en anglais, avec un soutien en français.

Pour vous inscrire, remplissez le formulaire lié à la fin de cette page avant le 9 décembre 2023.

Programme

Jour 1:

  • Qu’est-ce que le zéro ? Quand et comment centrer une variable ?
  • Quelles sont les unités ? La mise à l’échelle d’une variable et pourquoi il faut le faire.
  • Qu’est-ce que cela signifie ? Faire des prédictions.
  • Est-ce que cela dépend ? Ajustement et visualisation des interactions.

Jour 2:

  • Quelles sont vos expectatives ? Simuler des ensembles de données.
  • L’arme secrète : ajuster le même modèle plusieurs fois.
Quand : 13h EST, mardi 12 décembre et jeudi 14 décembre 2023.
Durée : 3h chaque jour (6 heures au total)
Où : En ligne - les informations seront envoyées le jour précédent 
Formulaire d'inscription : https://forms.office.com/r/BfUD8Gv61D
Date limite d'inscription :  9 décembre 2023

Apprentissage automatique interprétable appliqué aux MDS

Posted by on in Ateliers de formation

L’apprentissage automatique n’est pas une boîte noire (à moins que nous le voulions !). Si vous vous êtes déjà demandé ce que les résultats d’un modèle de distribution des espèces signifient réellement, BIOS² est là pour vous aider ! Le 6 octobre 2023, de 13h à 15h EDT, le professeur Timothée Poisot animera un atelier court et très participatif sur la façon d’interpréter les modèles d’apprentissage automatique appliqués aux SDM.

Dans cet atelier, les participants construiront un modèle simple pour prédire la distribution du raton laveur dans le sud du Québec à partir d’observations. Plutôt que de se concentrer sur la prédiction, nous poserons des questions sur le pourquoi. Plus précisément, en combinant la présentation des résultats avec des discussions en petits groupes, nous nous interrogerons sur le fonctionnement du modèle, sur le moment où il est acceptable d’appliquer notre meilleur jugement et d’ignorer certaines mesures de performance, et sur la façon dont nous pouvons envisager l’apprentissage automatique interprétable pour améliorer la transparence du modèle. Les participants auront accès à l’ensemble du code et des données à la fin de l’atelier.

L’atelier sera organisé virtuellement et les informations concernant l’accès seront envoyées aux participants inscrits un jour avant l’événement.

Pour poser votre candidature, veuillez remplir ce formulaire avant le 4 octobre 2023 : https://forms.office.com/r/SLuu3gv9B1

Plusieurs appels à candidatures sont maintenant ouverts !

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La saison 2023 des appels à candidatures de BIOS2 est ouverte ! Plusieurs opportunités sont disponibles : bourse de premier cycle, bourse postdoctorale pour la persistance et adhésion / bourses pour personnes aux études graduées. Les candidatures pour les bourses de premier cycle et les bourses postdoctorales seront ouvertes jusqu’à ce que les postes soient pourvus, et les candidatures pour l’adhésion / bourses d’études supérieures se terminent le 18 août 2023.

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Atelier d’introduction à Python

Posted by on in Ateliers de formation, École d'été

Le programme de formation BIOS² propose un atelier d’introduction à Python pour les utilisateurs de R. L’atelier sera présenté les 15 et 16 mai 2023 par Vincent Beauregard, spécialiste des données à Biodiversité Québec.

Le cours vise à fournir les bases de Python et à familiariser les participants avec les outils et les bibliothèques pertinents pour l’écologie computationnelle. Les sessions s’appuieront sur les connaissances préalables des participants en langage R pour faciliter l’apprentissage. Les sujets abordés incluront la manipulation de données avec Pandas, la visualisation de données avec Matplotlib, et l’analyse de données avec Numpy et Scipy. Les étudiants apprendront également à décomposer leur code en fonctions et à travailler avec des classes en Python.

L’atelier est offert en préparation à l’École doctorale en écologie computationnelle, mais il est ouvert à tous les membres du programme BIOS2 et toutes autres personnes intéressées.

Instructeur

Vincent Beauregard est coordonnateur technique et spécialiste des infrastructures, des interfaces de données et des données de télédétection à Biodiversité Québec. Il s’intéresse à l’automatisation des schémas de traitement de données.

Quoi: Atelier d’introduction à Python

Quand: 15 et 16 mai 2023, 1 pm – 4 pm (votre heure ici)
Où: En ligne et à l’Université Laval
Langue: Anglais (Q&R et discussion bilingues)
Frais: gratuit – ouvert à tous
Date limite d’inscription: 11 mai 2023
Lien d’inscription: https://forms.office.com/r/kWvCrdpbus