Un atelier d’introduction à l’analyse du microbiome sera présenté dans le cadre du programme de formation BIOS² par le professeur Steven Kembel (UQAM) les 19 et 20 mai 2022 de 13 h à 16 h, heure de l’Est .
Cet atelier donnera un aperçu de la théorie et de la pratique de l’utilisation des approches de metabarcoding pour étudier la diversité des communautés microbiennes. L’atelier permettra aux participants de comprendre 1) les méthodes actuelles de quantification de la diversité du microbiome à l’aide d’approches de metabarcoding/amplicon sequencing et 2) les approches de normalisation et d’analyse de la diversité qui peuvent être utilisées pour quantifier la diversité des communautés microbiennes.
Cet atelier en ligne aura lieu de 13h à 16h, heure de l’Est, les 19 et 20 mai 2022. Chaque jour, il y aura une présentation d’environ 1 heure suivie d’une séance pratique d’environ 2 heures sur R.
- 19 mai : Quantification du microbiome à l’aide d’approches de metabarcoding/amplicon sequencing.
- 20 mai : normalisation des données et analyse écologique des données du microbiome
Cet atelier assume une familiarité de base avec R/RStudio ; les exercices pratiques sont basés sur l’utilisation de scripts R pour analyser des données séquentielles et les jeux de données sur les communautés obtenus.
Les participants devront avoir accès à un ordinateur permettant d’installer des versions récentes de R/RStudio et les packages dada2 et picante.
L’atelier sera présenté en anglais avec des discussions et des questions en anglais et en français.
Pr. Steven Kembel est professeur de biologie à l’Université du Québec à Montréal (UQAM). Il fait partie de l’équipe centrale de BIOS2 en tant que co-investigateur. Le Dr Steven Kembel, titulaire de la Chaire de recherche du Canada sur les microbiomes végétaux, étudie la biodiversité des microbes existant sur les plantes. Sa recherche utilise le séquençage de l’ADN environnemental pour comprendre les processus qui soutiennent la biodiversité des microbes associés aux plantes et les effets des microbes sur les plantes hôtes.
Inscrivez-vous ici : https://forms.office.com/r/UwcLRE1v8b
Le nombre de places est limité.