Catégorie : Ateliers de formation

Modèles additifs généralisés hiérarchiques

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Le 3 mars 2025, BIOS² accueillera une nouvelle formation sur les modèles additifs généralisés hiérarchiques (MAGH) par les membres Camille Lévesque et Katherine Hébert.

Ce cours est conçu pour démystifier la modélisation hiérarchique en tant qu’outil puissant pour modéliser la dynamique des populations, les distributions spatiales et toutes les relations non linéaires dans vos données écologiques. La formation sera divisée en deux parties. Tout d’abord, nous aborderons les hiérarchies en biologie, dans les données et dans les modèles afin de comprendre ce que sont les modèles hiérarchiques, certaines des formes qu’ils peuvent prendre et les principes fondamentaux de leur fonctionnement. Ensuite, nous présenterons la modélisation des variables latentes comme un moyen d’expliquer une plus grande partie de la variation de nos variables de réponse, afin de mieux démêler les hiérarchies de variation dans nos données. Les deux blocs comprendront une présentation théorique suivie d’exercices pratiques de codage pour mettre en œuvre et interpréter les MAG hiérarchiques.

Cette formation sera donnée en anglais, et les exercices de codage se feront en R. Nous recommandons d’installer R et RStudio avant l’atelier, et nous enverrons des instructions plus détaillées sur les paquets à installer et les données à télécharger dans les jours précédant l’atelier.

Il est recommandé d’avoir une expérience préalable des MAG avant de suivre cette formation. Si vous souhaitez suivre une introduction aux GAMs avant cet atelier, veuillez consulter l’introduction aux GAMs d’Eric Pedersen (https://bios2.usherbrooke.ca/2021/10/20/workshop-gams-2021/), l’atelier 8 : GAMs du Centre québécois des sciences de la biodiversité (http://r.qcbs.ca/workshop08/book-en/) ou suivre cette formation hybride BIOS²+QCBS qui aura lieu le 28 février 2025.

Quoi : Cours court sur les modèles additifs généralisés hiérarchiques (3h)
Quand : 3 mars, 13h-16h EST (incluant 15 minutes de pause)
Où : En ligne sur Zoom En ligne sur Zoom
Inscription : https://us02web.zoom.us/meeting/register/_JZMQEXhRaqxVvCKUqM4jA

Intro aux GAMs : apprendre des courbes non linéaires à partir de données

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BIOS² est très heureux de vous inviter à une formation sur Quarto, organisée par notre programme partenaire, CSBQ !

Les écologistes ont souvent des données divisées en groupes, et au sein de chaque groupe, il existe de nombreux prédicteurs qui peuvent être importants. Mais quel est l’impact de ces prédicteurs sur les résultats ? Leurs effets sont-ils non linéaires ? S’il s’agit d’une série chronologique, existe-t-il des cycles ou un autre type de dynamique complexe ? Qu’en est-il de l’espace ?Les GAM sont un excellent moyen d’apprendre les lignes courbes à partir des données. Dans cet atelier, vous apprendrez les bases du fonctionnement des GAM, comment y réfléchir et vous vous entraînerez à les ajuster à l’aide du package R mgcv.

Quand : Vendredi, février 28th, 2025 – 13h-16h ET
Où : Online et à Concordia Library LB-322 (troisième étage de la bibliothèque)
Inscription : https://us02web.zoom.us/meeting/register/s0agwLV_TcqB9e0KFC_39w

Comment utiliser Quarto

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BIOS² est très heureux de vous inviter à une formation sur Quarto, organisée par notre programme partenaire, CSBQ !

Quarto est un moyen rapide et facile de transformer vos scripts R en beaux documents, présentations et même sites web. Il s’agit d’une version nouvelle et améliorée de Rmarkdown. Cet atelier présentera les avantages de Quarto, y compris les citations, les figures, les cartes et plus encore. Les participants peuvent être familiers avec Rmarkdown ou novices en la matière. Nous terminerons en travaillant sur un projet : choisissez entre une présentation, un article ou un site web !

Quand: 18 Feb 2025 Mardi – 14h to 16h ET
Où : Online et à Concordia Library LB-322 (troisième étage de la bibliothèque)
Inscriptions: https://us02web.zoom.us/meeting/register/R4cL3vLzRiiNBDk-vYMSyQ

Atelier R et Git : Du code à la collaboration

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BIOS2 organise un atelier d’une journée sur la programmation et le contrôle de versions pour la science des données et la recherche. Nos instructeurs Carpentries certifiés Francis Banville et Gabriel Dansereau donneront une introduction au Tidyverse, une collection de libraires R pour la manipulation et la visualisation des données. Ils présenteront également Git, un outil de collaboration et de contrôle de versions utile pour le travail en recherche. Les leçons couvertes seront inspirées de celles développées par The Carpentries (Data Analysis and Visualization in R for Ecologists et Version Control with Git). 

L’atelier est gratuit et se déroulera en personne au Campus MIL de l’Université de Montréal (avec collations !) et la langue d’enseignement sera le français. Le nombre de places est très limité, alors inscrivez-vous rapidement !

Vous devez avoir installé R et RStudio ainsi que Git Bash avant l’atelier. Si vous avez besoin d’aide pour l’installation, veuillez envoyer un courriel à Francis ou Gabriel, ou arrivez 60-30 minutes avant le début de l’atelier.

Quoi : Atelier sur R (Tidyverse) et Git 
Quand : Samedi 18 janvier de 9:00 à 17:00
Où : Campus MIL (Université de Montréal), local B-2061
Contacts : Francis Banville (francis.banville [at] umontreal.ca) et Gabriel Dansereau (gabriel.dansereau [at] umontreal.ca) 

Formulaire d’inscription :

Atelier sur la gestion des données spatiales avec R

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Le premier atelier du calendrier 2024-2025 portera sur l’analyse des données spatiales, et les inscriptions sont maintenant ouvertes ! Parfait pour les chercheur·euse·s et les analystes de données ayant une compréhension de base de R, cet atelier couvrira Google Colab, les flux de travail reproductibles, les ensembles de données de biodiversité et spatiales disponibles sur le web, les opérations sur les shapefiles et les rasters, ainsi que l’intégration de Google Earth Engine (GEE). Pour participer, vous devez avoir accès aux applications de la suite Google, telles que Google Drive et Google Colab, via un compte de courriel électronique. Les instructeurs de l’atelier sont Lionel Leston (Université de l’Alberta) et Mobina Gholamhosseini (Université de Montréal).

Détails de l’inscription

Date : 17, 19, 24 et 26 septembre 2024
Heure : 10h PT / 13h PT
Lieu : En ligne (Zoom et Google Colab)
Inscriptions : https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZUkdOmsqT4vGNTLsbPoZIezkRH2x6Vhc8zJ

Les inscriptions sont gratuites et ouvertes à tout·e·s, mais les places sont limitées. Si vous avez des questions, veuillez nous contacter à pgm_bios2 [at] usherbrooke.ca.

Atelier de révision ouvert

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En juillet, BIOS2 organisera un atelier de 2 heures sur l’évaluation ouverte par les pairs, animé par notre collègue Allegra Spensieri. Allegra a été sélectionnée comme championne PREreview et apporte maintenant à notre communauté les principes de la révision par les pairs juste et ouverte, avec le soutien de PREreview.

PREreview est une organisation qui développe une infrastructure pour soutenir le processus de révision par les pairs des publications « preprint » du début à la fin. Elle développe et fournit des formations sur la manière de rédiger des critiques utiles pour les prépublications, et a mis en place une plateforme pour soumettre des critiques de prépublications, ainsi qu’une communauté de chercheurs. L’atelier ouvert pour les évaluateurs est un programme de formation que PREreview a conçu pour les chercheurs de tous niveaux afin qu’ils apprennent à rédiger des évaluations équitables par les pairs.

Cet atelier de deux heures se concentrera sur les bases de l’évaluation ouverte et sur la prise de conscience des préjugés dans l’évaluation par les pairs. L’inscription est gratuite et ouverte à tous, mais les places sont limitées.

Quand : 10 juillet 2024 – 13h EST
Où : En ligne En ligne
Inscriptions : https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZIoce6tqz0vGtdpZPVtuBKMpLyxjR9WvqjN