Catégorie : Dirigé par des fellows

Appels à la communauté du groupe de travail HGAMs

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Nous vous invitons à rejoindre notre série de discussions sur les applications des Modèles Additifs Généralisés Hiérarchiques (HGAMs) en écologie. Ces discussions font partie d’une initiative plus large dirigée par le groupe de travail HGAMs de BIOS2, visant à promouvoir la compréhension et l’application de ces modèles.

Nous accueillons toute personne intéressée par les GAMs, l’écologie computationnelle, ou curieuse d’en apprendre davantage sur les HGAMs, à participer aux sessions suivantes :

Chaque discussion se concentrera sur les questions écologiques importantes que nous pourrions résoudre avec les HGAMs, mettant en évidence une diversité d’applications potentielles pour différents types de données écologiques. Nous vous invitons à vous joindre à nous pour explorer comment les HGAMs peuvent contribuer à faire progresser la recherche en écologie !

Modèles additifs généralisés hiérarchiques

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Le 3 mars 2025, BIOS² accueillera une nouvelle formation sur les modèles additifs généralisés hiérarchiques (MAGH) par les membres Camille Lévesque et Katherine Hébert.

Ce cours est conçu pour démystifier la modélisation hiérarchique en tant qu’outil puissant pour modéliser la dynamique des populations, les distributions spatiales et toutes les relations non linéaires dans vos données écologiques. La formation sera divisée en deux parties. Tout d’abord, nous aborderons les hiérarchies en biologie, dans les données et dans les modèles afin de comprendre ce que sont les modèles hiérarchiques, certaines des formes qu’ils peuvent prendre et les principes fondamentaux de leur fonctionnement. Ensuite, nous présenterons la modélisation des variables latentes comme un moyen d’expliquer une plus grande partie de la variation de nos variables de réponse, afin de mieux démêler les hiérarchies de variation dans nos données. Les deux blocs comprendront une présentation théorique suivie d’exercices pratiques de codage pour mettre en œuvre et interpréter les MAG hiérarchiques.

Cette formation sera donnée en anglais, et les exercices de codage se feront en R. Nous recommandons d’installer R et RStudio avant l’atelier, et nous enverrons des instructions plus détaillées sur les paquets à installer et les données à télécharger dans les jours précédant l’atelier.

Il est recommandé d’avoir une expérience préalable des MAG avant de suivre cette formation. Si vous souhaitez suivre une introduction aux GAMs avant cet atelier, veuillez consulter l’introduction aux GAMs d’Eric Pedersen (https://bios2.usherbrooke.ca/2021/10/20/workshop-gams-2021/), l’atelier 8 : GAMs du Centre québécois des sciences de la biodiversité (http://r.qcbs.ca/workshop08/book-en/) ou suivre cette formation hybride BIOS²+QCBS qui aura lieu le 28 février 2025.

Quoi : Cours court sur les modèles additifs généralisés hiérarchiques (3h)
Quand : 3 mars, 13h-16h EST (incluant 15 minutes de pause)
Où : En ligne sur Zoom En ligne sur Zoom
Inscription : https://us02web.zoom.us/meeting/register/_JZMQEXhRaqxVvCKUqM4jA

Atelier R et Git : Du code à la collaboration

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BIOS2 organise un atelier d’une journée sur la programmation et le contrôle de versions pour la science des données et la recherche. Nos instructeurs Carpentries certifiés Francis Banville et Gabriel Dansereau donneront une introduction au Tidyverse, une collection de libraires R pour la manipulation et la visualisation des données. Ils présenteront également Git, un outil de collaboration et de contrôle de versions utile pour le travail en recherche. Les leçons couvertes seront inspirées de celles développées par The Carpentries (Data Analysis and Visualization in R for Ecologists et Version Control with Git). 

L’atelier est gratuit et se déroulera en personne au Campus MIL de l’Université de Montréal (avec collations !) et la langue d’enseignement sera le français. Le nombre de places est très limité, alors inscrivez-vous rapidement !

Vous devez avoir installé R et RStudio ainsi que Git Bash avant l’atelier. Si vous avez besoin d’aide pour l’installation, veuillez envoyer un courriel à Francis ou Gabriel, ou arrivez 60-30 minutes avant le début de l’atelier.

Quoi : Atelier sur R (Tidyverse) et Git 
Quand : Samedi 18 janvier de 9:00 à 17:00
Où : Campus MIL (Université de Montréal), local B-2061
Contacts : Francis Banville (francis.banville [at] umontreal.ca) et Gabriel Dansereau (gabriel.dansereau [at] umontreal.ca) 

Formulaire d’inscription :

Atelier sur la gestion des données spatiales avec R

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Le premier atelier du calendrier 2024-2025 portera sur l’analyse des données spatiales, et les inscriptions sont maintenant ouvertes ! Parfait pour les chercheur·euse·s et les analystes de données ayant une compréhension de base de R, cet atelier couvrira Google Colab, les flux de travail reproductibles, les ensembles de données de biodiversité et spatiales disponibles sur le web, les opérations sur les shapefiles et les rasters, ainsi que l’intégration de Google Earth Engine (GEE). Pour participer, vous devez avoir accès aux applications de la suite Google, telles que Google Drive et Google Colab, via un compte de courriel électronique. Les instructeurs de l’atelier sont Lionel Leston (Université de l’Alberta) et Mobina Gholamhosseini (Université de Montréal).

Détails de l’inscription

Date : 17, 19, 24 et 26 septembre 2024
Heure : 10h PT / 13h PT
Lieu : En ligne (Zoom et Google Colab)
Inscriptions : https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZUkdOmsqT4vGNTLsbPoZIezkRH2x6Vhc8zJ

Les inscriptions sont gratuites et ouvertes à tout·e·s, mais les places sont limitées. Si vous avez des questions, veuillez nous contacter à pgm_bios2 [at] usherbrooke.ca.

Atelier de révision ouvert

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En juillet, BIOS2 organisera un atelier de 2 heures sur l’évaluation ouverte par les pairs, animé par notre collègue Allegra Spensieri. Allegra a été sélectionnée comme championne PREreview et apporte maintenant à notre communauté les principes de la révision par les pairs juste et ouverte, avec le soutien de PREreview.

PREreview est une organisation qui développe une infrastructure pour soutenir le processus de révision par les pairs des publications « preprint » du début à la fin. Elle développe et fournit des formations sur la manière de rédiger des critiques utiles pour les prépublications, et a mis en place une plateforme pour soumettre des critiques de prépublications, ainsi qu’une communauté de chercheurs. L’atelier ouvert pour les évaluateurs est un programme de formation que PREreview a conçu pour les chercheurs de tous niveaux afin qu’ils apprennent à rédiger des évaluations équitables par les pairs.

Cet atelier de deux heures se concentrera sur les bases de l’évaluation ouverte et sur la prise de conscience des préjugés dans l’évaluation par les pairs. L’inscription est gratuite et ouverte à tous, mais les places sont limitées.

Quand : 10 juillet 2024 – 13h EST
Où : En ligne En ligne
Inscriptions : https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZIoce6tqz0vGtdpZPVtuBKMpLyxjR9WvqjN

Modélisation et analyse numérique des systèmes biologiques

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Les 11 et 13 juin prochains, BIOS2 organise une nouvelle formation sur les modèles mathématiques en écologie, animée par notre fellow Maxime Clenet !

Ce cours est conçu pour approfondir votre compréhension des modèles théoriques en écologie, tels que la dynamique des populations (Lotka-Volterra), la dynamique spatiale (métapopulation), ou encore les modèles épidémiologiques (SIR). La formation est divisée en deux parties principales.
Dans un premier temps, nous verrons les étapes clés de la modélisation et de la formalisation d’un problème biologique en termes d’équations et tenterons de répondre aux questions : Pourquoi est-ce utile ? Quelles sont les principales approches théoriques actuelles en dynamique des populations ?
Une analyse mathématique rigoureuse du modèle sera effectuée en présentant les principaux outils méthodologiques utiles à son analyse, tels que le calcul des équilibres, les matrices Jacobiennes et la stabilité. Cette analyse sera intégrée sous forme d’exercices pratiques et d’échanges entre les étudiants.

La partie théorique sera suivie d’une interprétation numérique et orientée vers les données. Vouz apprendrez à développer une méthode numérique pour trouver une solution à des systèmes dynamiques. A la fin, les participants auront l’opportunité de développer leurs propres simulations numériques pour leur modèle dynamique favori en utilisant un outil de programmation adapté et facilement accessible (Python ou R selon les préférences de programmation).

Cette formation est un projet interdisciplinaire qui vise à améliorer vos compétences techniques, votre compréhension de l’écologie théorique et vos capacités en programmation numérique. Les participants de divers horizons sont les bienvenus, et la formule proposée profitera à tous. La formation permettra à chacun de travailler sur un modèle simple en trois étapes : comprendre les intuitions mathématiques de base du modèle, les questions posées autour de ce modèle et la mise en œuvre d’une implémentation numérique du modèle.

Quoi: Modélisation et analyse numérique des systèmes biologiques
Quand: 11 et 13 Juin, 10am - 4 pm EST (y compris la pause déjeuner)
Inscription: https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZMvcO2sqDMuHtOMCaTV2d_ro0bow8UfbZX9