Catégorie : Activités de formation

Appels à la communauté du groupe de travail HGAMs

Posted by on in Appels BIOS2, Dirigé par des fellows, Groupes de travail

Nous vous invitons à rejoindre notre série de discussions sur les applications des Modèles Additifs Généralisés Hiérarchiques (HGAMs) en écologie. Ces discussions font partie d’une initiative plus large dirigée par le groupe de travail HGAMs de BIOS2, visant à promouvoir la compréhension et l’application de ces modèles.

Nous accueillons toute personne intéressée par les GAMs, l’écologie computationnelle, ou curieuse d’en apprendre davantage sur les HGAMs, à participer aux sessions suivantes :

Chaque discussion se concentrera sur les questions écologiques importantes que nous pourrions résoudre avec les HGAMs, mettant en évidence une diversité d’applications potentielles pour différents types de données écologiques. Nous vous invitons à vous joindre à nous pour explorer comment les HGAMs peuvent contribuer à faire progresser la recherche en écologie !

2025 École d’été en statistiques avancées en sciences de la vie

Posted by on in Activités de formation, École d'été

Les inscriptions sont ouvertes pour notre école d’été 2025 en statistiques avancées pour les sciences de la vie, cette année avec le thème « Modèles hiérarchiques pour les sciences de la vie ». Du 5 au 9 mai 2025, nous nous retrouverons au magnifique centre de villégiature de Jouvence à Orford, au Québec, pour apprendre de Guillaume Blanchet, Ph.D, et Andrew MacDonald, Ph.D, les modèles hiérarchiques avec et sans contraintes (par exemple, spatiales et/ou temporelles) ainsi que les modèles hiérarchiques multivariés.

Les participants sont invités à apporter leurs propres jeux de données et doivent avoir installé R sur leur ordinateur, ainsi qu’un niveau intermédiaire de connaissances en statistiques et en programmation scientifique.

Les personnes intéressées à participer à l’école d’été doivent remplir ce formulaire avant le 30 mars 2025.

Plus d’informations sur le site de l’Université de Sherbrooke.

Modèles additifs généralisés hiérarchiques

Posted by on in Activités de formation, Ateliers de formation, Dirigé par des fellows, Groupes de travail

Le 3 mars 2025, BIOS² accueillera une nouvelle formation sur les modèles additifs généralisés hiérarchiques (MAGH) par les membres Camille Lévesque et Katherine Hébert.

Ce cours est conçu pour démystifier la modélisation hiérarchique en tant qu’outil puissant pour modéliser la dynamique des populations, les distributions spatiales et toutes les relations non linéaires dans vos données écologiques. La formation sera divisée en deux parties. Tout d’abord, nous aborderons les hiérarchies en biologie, dans les données et dans les modèles afin de comprendre ce que sont les modèles hiérarchiques, certaines des formes qu’ils peuvent prendre et les principes fondamentaux de leur fonctionnement. Ensuite, nous présenterons la modélisation des variables latentes comme un moyen d’expliquer une plus grande partie de la variation de nos variables de réponse, afin de mieux démêler les hiérarchies de variation dans nos données. Les deux blocs comprendront une présentation théorique suivie d’exercices pratiques de codage pour mettre en œuvre et interpréter les MAG hiérarchiques.

Cette formation sera donnée en anglais, et les exercices de codage se feront en R. Nous recommandons d’installer R et RStudio avant l’atelier, et nous enverrons des instructions plus détaillées sur les paquets à installer et les données à télécharger dans les jours précédant l’atelier.

Il est recommandé d’avoir une expérience préalable des MAG avant de suivre cette formation. Si vous souhaitez suivre une introduction aux GAMs avant cet atelier, veuillez consulter l’introduction aux GAMs d’Eric Pedersen (https://bios2.usherbrooke.ca/2021/10/20/workshop-gams-2021/), l’atelier 8 : GAMs du Centre québécois des sciences de la biodiversité (http://r.qcbs.ca/workshop08/book-en/) ou suivre cette formation hybride BIOS²+QCBS qui aura lieu le 28 février 2025.

Quoi : Cours court sur les modèles additifs généralisés hiérarchiques (3h)
Quand : 3 mars, 13h-16h EST (incluant 15 minutes de pause)
Où : En ligne sur Zoom En ligne sur Zoom
Inscription : https://us02web.zoom.us/meeting/register/_JZMQEXhRaqxVvCKUqM4jA

Intro aux GAMs : apprendre des courbes non linéaires à partir de données

Posted by on in Activités de formation, Ateliers de formation

BIOS² est très heureux de vous inviter à une formation sur Quarto, organisée par notre programme partenaire, CSBQ !

Les écologistes ont souvent des données divisées en groupes, et au sein de chaque groupe, il existe de nombreux prédicteurs qui peuvent être importants. Mais quel est l’impact de ces prédicteurs sur les résultats ? Leurs effets sont-ils non linéaires ? S’il s’agit d’une série chronologique, existe-t-il des cycles ou un autre type de dynamique complexe ? Qu’en est-il de l’espace ?Les GAM sont un excellent moyen d’apprendre les lignes courbes à partir des données. Dans cet atelier, vous apprendrez les bases du fonctionnement des GAM, comment y réfléchir et vous vous entraînerez à les ajuster à l’aide du package R mgcv.

Quand : Vendredi, février 28th, 2025 – 13h-16h ET
Où : Online et à Concordia Library LB-322 (troisième étage de la bibliothèque)
Inscription : https://us02web.zoom.us/meeting/register/s0agwLV_TcqB9e0KFC_39w

Comment utiliser Quarto

Posted by on in Activités de formation, Ateliers de formation

BIOS² est très heureux de vous inviter à une formation sur Quarto, organisée par notre programme partenaire, CSBQ !

Quarto est un moyen rapide et facile de transformer vos scripts R en beaux documents, présentations et même sites web. Il s’agit d’une version nouvelle et améliorée de Rmarkdown. Cet atelier présentera les avantages de Quarto, y compris les citations, les figures, les cartes et plus encore. Les participants peuvent être familiers avec Rmarkdown ou novices en la matière. Nous terminerons en travaillant sur un projet : choisissez entre une présentation, un article ou un site web !

Quand: 18 Feb 2025 Mardi – 14h to 16h ET
Où : Online et à Concordia Library LB-322 (troisième étage de la bibliothèque)
Inscriptions: https://us02web.zoom.us/meeting/register/R4cL3vLzRiiNBDk-vYMSyQ

Atelier R et Git : Du code à la collaboration

Posted by on in Activités de formation, Ateliers de formation, Dirigé par des fellows

BIOS2 organise un atelier d’une journée sur la programmation et le contrôle de versions pour la science des données et la recherche. Nos instructeurs Carpentries certifiés Francis Banville et Gabriel Dansereau donneront une introduction au Tidyverse, une collection de libraires R pour la manipulation et la visualisation des données. Ils présenteront également Git, un outil de collaboration et de contrôle de versions utile pour le travail en recherche. Les leçons couvertes seront inspirées de celles développées par The Carpentries (Data Analysis and Visualization in R for Ecologists et Version Control with Git). 

L’atelier est gratuit et se déroulera en personne au Campus MIL de l’Université de Montréal (avec collations !) et la langue d’enseignement sera le français. Le nombre de places est très limité, alors inscrivez-vous rapidement !

Vous devez avoir installé R et RStudio ainsi que Git Bash avant l’atelier. Si vous avez besoin d’aide pour l’installation, veuillez envoyer un courriel à Francis ou Gabriel, ou arrivez 60-30 minutes avant le début de l’atelier.

Quoi : Atelier sur R (Tidyverse) et Git 
Quand : Samedi 18 janvier de 9:00 à 17:00
Où : Campus MIL (Université de Montréal), local B-2061
Contacts : Francis Banville (francis.banville [at] umontreal.ca) et Gabriel Dansereau (gabriel.dansereau [at] umontreal.ca) 

Formulaire d’inscription :