Auteur : Gracielle Higino

2025 École d’été en modélisation de la biodiversité

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L’édition 2025 de l’école d’été sur la modélisation de la biodiversité aura pour thème « Coder la biodiversité : construire des scénarios avec un modèle d’écosystème global ». Accueillie cette année à l’Université de Colombie Britannique à Vancouver, l’école sera l’occasion d’approfondir vos connaissances en matière de modélisation de la biodiversité, dans une atmosphère informelle et conviviale.

Photo by Darren Tierney on Unsplash

Il a été suggéré que des modèles généraux d’écosystème pourraient éclairer les décisions politiques et améliorer notre compréhension de la biodiversité et de son fonctionnement. L’élaboration de tels modèles est toutefois une tâche ardue qui ne pourrait être réalisée qu’en équipe.

L’objectif général de cette édition de l’université d’été sur la modélisation de la biodiversité sera d’étudier les effets conjoints des changements de biodiversité et du changement climatique sur le fonctionnement des écosystèmes en utilisant une version personnalisée du modèle Madingley. Les personnes inscrites apprendront à collaborer sur un problème complexe de codage avec une équipe interdisciplinaire, et de ce fait, nous encourageons les personnes ayant des antécédents divers à poser leur candidature pour constituer ces équipes interdisciplinaires.

Prérequis

Pour toutes les candidatures :

  • Compétences en anglais de niveau intermédiaire; connaissance du français (un atout)
  • Être admissible à étudier au Canada (c.-à-d. avoir le visa approprié ou être exempté de cette exigence pour s’inscrire à un cours universitaire)

Pour les candidatures axées sur le développement de modèles de biodiversité :

  • Connaissance de base en modélisation de la biodiversité
  • Connaissances de niveau intermédiaire avancé en programmation scientifique (le programme mettra l’accent sur le langage R, mais vous pouvez utiliser le langage de votre choix)
  • Familiarité avec les systèmes de contrôle de version (une formation avancée est prévue pendant l’école d’été)

Pour les candidatures en communication sur les modèles de biodiversité :

  • Familiarité avec les sujets liés à la biodiversité
  • Compétences en matière de visualisation de données et/ou de communication et de vulgarisation dans différents médias
Date : du 18 au 22 août 2025 18 au 22 août 2025
Lieu : Université de la Colombie-Britannique, Vancouver - BC
Frais d'inscription : 600$ (sans hébergement) ou 950$ (avec hébergement)
Le prix comprend l'inscription au cours et les repas. Les membres de certains programmes ou associations peuvent bénéficier d'une aide financière pour participer à l'événement.

Inscription

Toute personne intéressée à participer à l’école d’été doit remplir ce formulaire avant le 15 juin 2025. L’inscription officielle (admission et paiement des frais d’inscription) aura lieu durant la semaine du 30 juin 2025.

Plus d’informations et inscription : https://www.usherbrooke.ca/ecoles-de-pointe/en/biology/2025-biodiversity-modelling

Appels à la communauté du groupe de travail HGAMs

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Nous vous invitons à rejoindre notre série de discussions sur les applications des Modèles Additifs Généralisés Hiérarchiques (HGAMs) en écologie. Ces discussions font partie d’une initiative plus large dirigée par le groupe de travail HGAMs de BIOS2, visant à promouvoir la compréhension et l’application de ces modèles.

Nous accueillons toute personne intéressée par les GAMs, l’écologie computationnelle, ou curieuse d’en apprendre davantage sur les HGAMs, à participer aux sessions suivantes :

Chaque discussion se concentrera sur les questions écologiques importantes que nous pourrions résoudre avec les HGAMs, mettant en évidence une diversité d’applications potentielles pour différents types de données écologiques. Nous vous invitons à vous joindre à nous pour explorer comment les HGAMs peuvent contribuer à faire progresser la recherche en écologie !

2025 École d’été en statistiques avancées en sciences de la vie

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Les inscriptions sont ouvertes pour notre école d’été 2025 en statistiques avancées pour les sciences de la vie, cette année avec le thème « Modèles hiérarchiques pour les sciences de la vie ». Du 5 au 9 mai 2025, nous nous retrouverons au magnifique centre de villégiature de Jouvence à Orford, au Québec, pour apprendre de Guillaume Blanchet, Ph.D, et Andrew MacDonald, Ph.D, les modèles hiérarchiques avec et sans contraintes (par exemple, spatiales et/ou temporelles) ainsi que les modèles hiérarchiques multivariés.

Les participants sont invités à apporter leurs propres jeux de données et doivent avoir installé R sur leur ordinateur, ainsi qu’un niveau intermédiaire de connaissances en statistiques et en programmation scientifique.

Les personnes intéressées à participer à l’école d’été doivent remplir ce formulaire avant le 30 mars 2025.

Plus d’informations sur le site de l’Université de Sherbrooke.

Appel Communautaire avec rainbowR

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Le prochain appel communautaire BIOS² se tiendra le 21 février 2025 à midi (ET) sur Zoom. Venez en grand nombre discuter avec Ella Kaye et l’équipe rainbowR de leurs parcours professionnels, de la manière de trouver et d’entretenir une communauté et des activités formidables que le groupe promeut pour soutenir, promouvoir et connecter les personnes LGBTQ+ qui codent en langage R.

Cette rencontre, qui se veut une discussion plutôt qu’une présentation, est ouverte à toutes et à tous. Elle est proposée dans le cadre des rencontres communautaires du programme de formation BIOS² en méthodes numériques appliquées à la science de la biodiversité.

Inscriptions ici : https://bit.ly/bios2-cc-feb25

Modèles additifs généralisés hiérarchiques

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Le 3 mars 2025, BIOS² accueillera une nouvelle formation sur les modèles additifs généralisés hiérarchiques (MAGH) par les membres Camille Lévesque et Katherine Hébert.

Ce cours est conçu pour démystifier la modélisation hiérarchique en tant qu’outil puissant pour modéliser la dynamique des populations, les distributions spatiales et toutes les relations non linéaires dans vos données écologiques. La formation sera divisée en deux parties. Tout d’abord, nous aborderons les hiérarchies en biologie, dans les données et dans les modèles afin de comprendre ce que sont les modèles hiérarchiques, certaines des formes qu’ils peuvent prendre et les principes fondamentaux de leur fonctionnement. Ensuite, nous présenterons la modélisation des variables latentes comme un moyen d’expliquer une plus grande partie de la variation de nos variables de réponse, afin de mieux démêler les hiérarchies de variation dans nos données. Les deux blocs comprendront une présentation théorique suivie d’exercices pratiques de codage pour mettre en œuvre et interpréter les MAG hiérarchiques.

Cette formation sera donnée en anglais, et les exercices de codage se feront en R. Nous recommandons d’installer R et RStudio avant l’atelier, et nous enverrons des instructions plus détaillées sur les paquets à installer et les données à télécharger dans les jours précédant l’atelier.

Il est recommandé d’avoir une expérience préalable des MAG avant de suivre cette formation. Si vous souhaitez suivre une introduction aux GAMs avant cet atelier, veuillez consulter l’introduction aux GAMs d’Eric Pedersen (https://bios2.usherbrooke.ca/2021/10/20/workshop-gams-2021/), l’atelier 8 : GAMs du Centre québécois des sciences de la biodiversité (http://r.qcbs.ca/workshop08/book-en/) ou suivre cette formation hybride BIOS²+QCBS qui aura lieu le 28 février 2025.

Quoi : Cours court sur les modèles additifs généralisés hiérarchiques (3h)
Quand : 3 mars, 13h-16h EST (incluant 15 minutes de pause)
Où : En ligne sur Zoom En ligne sur Zoom
Inscription : https://us02web.zoom.us/meeting/register/_JZMQEXhRaqxVvCKUqM4jA

Intro aux GAMs : apprendre des courbes non linéaires à partir de données

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BIOS² est très heureux de vous inviter à une formation sur Quarto, organisée par notre programme partenaire, CSBQ !

Les écologistes ont souvent des données divisées en groupes, et au sein de chaque groupe, il existe de nombreux prédicteurs qui peuvent être importants. Mais quel est l’impact de ces prédicteurs sur les résultats ? Leurs effets sont-ils non linéaires ? S’il s’agit d’une série chronologique, existe-t-il des cycles ou un autre type de dynamique complexe ? Qu’en est-il de l’espace ?Les GAM sont un excellent moyen d’apprendre les lignes courbes à partir des données. Dans cet atelier, vous apprendrez les bases du fonctionnement des GAM, comment y réfléchir et vous vous entraînerez à les ajuster à l’aide du package R mgcv.

Quand : Vendredi, février 28th, 2025 – 13h-16h ET
Où : Online et à Concordia Library LB-322 (troisième étage de la bibliothèque)
Inscription : https://us02web.zoom.us/meeting/register/s0agwLV_TcqB9e0KFC_39w